„ფობოს-გრუნტის“ ავარიის მიზეზის ყველაზე უფრო სარწმუნო ვერსიად სპეციალისტებმა ბორტკომპიუტერის(БВК) არასწორი პროგრამირება მიიჩნიეს. ამის შესახებ, როგორც 31 იანვარის „კომერსანტში“ დაიწერა, მოახსენეს როსკოსმოსის ხელმძღვანელს ვლადიმირ პოპოვკინს.
ფედერალური კოსმოსური სააგენტოს ხელმძღვანელს მოხსენება პირადად სახკორპორაციის „როსტექნოლოგიების“ სამეცნიერო-ტექნიკური საბჭოს ხელმძღვანელმა იური კოპტევმა წარუდგინა. ინციდენტის ძირითად მიზეზად პროგრამული შეფერხება ჩაითვალა, რომელმაც ბორტკომპიუტერის ორი მომუშავე არხის ერთდოული გადატვირთვა გამოიწვია.
როგორც სარაკეტო-კოსმოსური წარმოების წყარო იუწყება, კომისია ავარიის რამდენიმე ვერსიას განიხილავდა,ბევრი მათგანი მაშინვე იქნა უარყოფილი, ზოგიერთი კი გადამოწმების მერე. ამ უკანასკნელთა შორის ა.შ.შ-ს ტერიტორიაზე არსებული, რეიგანის სახელობის სამხედრო პოლიგონის რადარებიც იყო. თუმცა, ჩატარებული ცდით დადასტურდა, რომ ანალოგიური ელექტრონიკა ინტენსიურ რადიოგამოსხივებას უძლებს და ვერსია გარე ზემოქმედების შესახებ მცდარი აღმოჩნდა.
საპლანეტათშორისო სადგური „ფობოს-გრუნტი“ 2011 წლის 9 ნოემბერს გაუშვეს. აპარატს მარსის თანამგზავრ ფობოსამდე უნდა მიეღწია, შემდეგ დაშვებულიყო მის ზედაპირზე, აეღო გრუნტის სინჯები და სპეციალური კაფსულით გამოეგზავნა დედამიწაზე.
ფრენის დაწყებიდან რამდენიმე საათის მერე ბორტზე გაუმართაობებმა იჩინეს ტავი – არ ჩაირთო ამაჩქარებელი ძრავი, რომელსაც „ფობოს-გრუნტი“ მარსისაკენ გასაფრენ ორბიტაზე უნდა გაეყვანა. აპარატი, დედამიწის გარშემო, საყრდენ ორბიტაზე გაიჭედა და 2012 წლის 15 იანვრამდე იქ მიმყოფებოდა, სანამ ატმოსფეროს სქელ ფენებში არ დაიწვა.
იგივე წყაროს ცნობით, შეფერხებები აპრატიდან გადმოცემულ მონაცემებში დედამიწის მახლობელ ორბიტაზე გასვლის თანავე დაიწყო. მხოლოდ რამდენიმეჯერ მოახერხა როსკოსმოსმა და ევროპის კოსმოსურმა სააგენტომ „ფობოს-გრუნტიდან“ ნაწყვეტი მონაცემების მიღება, რაც იმაზე მეტყველებს, რომ უკვე ამ ეტაპზე ბორტკომპიუტერი წინასწარ დაგეგმილი პროგრამით ვეღარ მუშაობდა. ერთდროული ავტომატური გადატვირთვის მერე ბორტის გამომთვლელმა სისტემამ ვეღარ შეძლო აპარატის მარსისაკენ გასაფრენ ორბიტაზე გადაყვანა.